巧克力囊肿是属于子宫内膜异位症的一类。为搞清巧囊不孕症的病因，首先要知道什么是子宫内膜异位症。子宫内膜异位是指子宫内膜组织（腺体及间质）位于子宫内膜及肌层之外的部分。
巧囊会影响怀孕吗?
巧囊会从多个方面引起不孕。首先，巧克力囊肿会影响卵巢功能，影响卵泡发育。内异症患者中，排卵障碍的发生率在17%
巧克力囊肿试管长方案步骤
如果巧克力囊肿患者适合采用长方案进行促排的话，那么就要意味着面临比较长的促排周期了，大概是一个月左右。
在月经间血的2到4天打一支长效的GnRH~a激动剂，比如达菲林或者是达必佳这种药物。在打完药物以后的28到30天复诊。复诊以后主要检查超生和血中的性激素四项来了解垂体的降调的一个标准，如果说降调非常好的话，卵泡的平均直径在五个毫米左右这个时候是可以启动的，如果说降调压的过低是需要再等待3到4天的。降调完成以后就可以开始进行促排卵，促排卵是根据每个人的体重指数以及性激素六项的水平、抗苗勒管激素的水平来综合进行判定的。常规来讲，促排的时间大约10到14天左右开始进行取卵。取卵以后进行胚胎的培养，如果没有过度刺激，比较良好的话，可以在破卵后的第三天移植鲜胚或者是第五天移植囊胚都是可以的。
1卵巢巧克力囊肿
引起不孕的原因是什么
卵巢巧克力囊肿会从多个方面导致不孕：它会引起盆腹腔广泛的粘连，破坏盆腔微环境，影响精子与卵子的结合及运送，对精子有杀伤作用，并且降低子宫内膜对胚胎的接受能力。巧克力囊肿对卵巢功能的影响体现为：
1卵巢组织的纤维化
长了卵巢巧克力囊肿的患者，卵巢组织会比较硬，原因就是纤维化，这样就导致卵巢真正需要的血液供应减少，从而影响到卵子的数量和卵子的发育。
2氧化应激损伤
卵子在生长发育的过程中，需要周围颗粒细胞的支持。在巧克力囊肿的刺激下，卵子周围的颗粒细胞会过度紧张、兴奋，引起细胞内遗传物质如DNA的损伤、编码蛋白的错误和细胞功能的失常。
3卵泡萌动耗竭加速
卵巢巧克力囊肿的入侵会打乱卵子生长的节奏，小卵泡不该萌动时不断萌动，所以加速了小卵泡的耗竭，从而导致卵巢功能衰退的加速。
卵巢功能如何评估
首先是月经期第3天的性激素测定，包括FSH、LH、E2;第二是AMH，这个激素是由小卵泡分泌的，它的水平越低，提示卵巢里的小卵泡数目越少;第三就是B超下看到的小卵泡数目，它能反映卵巢内储存的卵子数。
我们在B超下可以看卵巢的大小，卵巢是否丰满，卵巢内的小卵泡数目，巧克力囊肿的部位和大小，巧克力囊肿生长在卵巢的深部(内生型)还是浅表部位(外生型)。
B超观察时，我们还可以初步判断每位患者卵巢巧克力囊肿手术时对卵巢功能的损伤程度。
巧克力囊肿的危害
1、造成流产、早产，因为卵巢囊肿长得速度很快，而且比较大的话，就会直接挤压到女性的子宫，从而就会直接影响子宫的增长。
2、造成不孕，这是巧克力囊肿最严重的危害。不但会影响卵巢的功能，更会导致出现输卵管不通。
3、造成难产、对胎儿有伤害，如果囊肿出现并发症的话，不进行手术的话，就会导致囊肿会出现恶性病变的情况，最终就会对胎儿产生不好的影响。